MGE | Hosts | AMR genes | Integration site (s) | Integrase family | References |
---|---|---|---|---|---|
ICEs | Â | Â | Â | Â | Â |
 Tn916 |  |  |  |  |  |
  Tn916 | S. suis, S. agalactiae, S. pneumoniae, S. mutants, E. faecalis, C. difficile | tet(M) | llmO | Tyrosine | [145] |
  dICE_Tn916 | S. suis | tet(O) |  |  | [145] |
  dICE_Tn916 | S. suis | tet(M) |  |  | [145] |
 Tn5252 |  |  |  |  |  |
  ICE_Tn5252_rplL*1 | S. suis, S. agalactiae, S. pneumoniae, S. pyogenes | tet(O), tet(O/W/32/O), tet(40), erm(B), aph(3’)-IIIa, ant(9’), ant(6’)-Ia, sat4 | rplL | Tyrosine | |
  ICE_Tn5252_rumA*1 | S. suis, S. agalactiae, S. pneumoniae, S. pyogenes | tet(M), tet(L), tet(O), tet(O/W/32/O), erm(B), aph(3’)-III, ant(6’)-Ia, sat4 | rumA | Tyrosine | |
  ICE_Tn5252_mutT*1 | S. suis | tet(L), tet(O), tet(O/W/32/O), erm(B), msr(C), mef(A) | mutT | Tyrosine | |
  ICE_Tn5252_rbgA*1 | S. suis | erm(B) | rbgA | Tyrosine | [145] |
  ICE_Tn5252_ llmO *1 | S. suis | tet(M) | llmO | Tyrosine | [145] |
  dICE_Tn5252 | S. suis | tet(O), tet(40) | rplL | Tyrosine | [145] |
  Partial_Tn5252 | S. suis | tet(O/W/32/O), erm(B), aph(3’)-IIIa, ant(9’), sat4 | rplL | Tyrosine | [145] |
  ICESsD9*2*3 | S. suis, E. faecalis | tet(O), erm(B) | rplL | Tyrosine | |
  ICESsu32457*2*4 | S. suis, S. agalactiae, S. pneumoniae, S. pyogenes | tet(40), tet(O/W/32/O), erm(B), ant(6’)-Ia, aph(3’) | rplL | Tyrosine | |
  ICESsuSC216*2 | S. suis | tet(O), erm(B), optrA, aadD | rplL | Tyrosine | [97] |
  Tandem_ICESsuSC317*2 | S. suis | tet(L), tet(O), optrA | rumA | SR | [97] |
  ICESsuBSB6*2 |  |  |  |  |  |
 | S. suis | tet(O/W/32/O), erm(B), aph(3’)-IIIa, ant(6’)-Ia, sat4, vanG operon | rplL | Tyrosine | [121] |
  ICESsuJH1308-2*2 | S. suis | tet(M), ant(6’)-Ia | rplL | Tyrosine | [89] |
  ICESsuJH1301*2 | S. suis | tet(O), erm(B), aph(3’)-III | rplL | Tyrosine | [89] |
 Tn1549 |  |  |  |  |  |
  dICE_Tn1549_rplL | S. suis | tet(O/W/32/O) | rplL | Tyrosine | [145] |
  ICE_Tn1549_rbgA | S. suis | erm(B) | rbgA | Tyrosine | [145] |
  Tn1549 | S. suis | vanB operon | hsdM | Tyrosine | [89] |
  ICESp1108 | S. suis, S. agalactiae, S. pneumoniae,S. pyogenes | tet(L), tet(W), erm(B), lnu(B), erm(TR), ant(6’)-Ia, cat | rumA | Tyrosine | [89] |
 vanG |  |  |  |  |  |
  ICE_vanG_lysS | S. suis | tet(W) | lysS |  | [145] |
 TnGBS2 |  |  |  |  |  |
  ICE_TnGBS2 | S. suis, S. agalactiae | tet(L), aph(3’)-IIIa, ant(6) | Diverse insertion sites, but not rplL | Tyrosine | |
  ICESsuTYPE3_rplL | S. suis, S. agalactiae, S. pneumoniae, S. pyogenes | tet(L), tet(W), erm(B), lnu(B), ant(6’)-Ia, cat | rplL | Tyrosine | [89] |
IMEs | Â | Â | Â | Â | Â |
 Integrated in MGEs |  |  |  |  |  |
  IME_PPI*3 | S. suis, S. thermophilus | tet(O), tet(40), erm(B) | PPI | SR | [145] |
  IME_SNF2*3 | S. suis | tet(O), erm(B) | SNF2 | SR | [145] |
Integrated in chromosome | Â | Â | Â | Â | Â |
  IME_SsuNSUI181_tRNALeu | S. suis | aph(3’)-IIIa, ant(6)-Ia, sat4, vanZ | tRNA-leu | Tyrosine | [145] |
  IME_SsuNSUI231_rpsI | S. suis | tet(O) | rpsI | Tyrosine | [145] |
  IME_HTH-XRE-reg | S. suis | ant(6)-Ia | HTH-XRE regulator | SR | [145] |
 Prophages |  |  |  |  |  |
  Prophage_rumA | S. suis | tet(O/W/32/O), tet(W), erm(B), lnu(B), lnu(C), lsa(E), mef(A), ant(6’)-Ib, aph(3’)-IIIa, ant(9’), sat4 | rumA |  | [145] |
  ΦSC181 | S. suis | mef(A), aacA, aphD, cat, optrA | rumA |  | [97] |
  Φm46.1*4 | S. suis, S. pyogenes | tet(O), mef(A) | rumA | Site-specific recombinase | |
  ΦSsu1135/10 | S. suis | erm(B), ant(6’)-Ia, aph(3)-IIIa | rumA |  | [170] |
  ΦSsUD.1 | S. suis, S. pyogenes | tet(W), erm(B), ant(6’)-Ia, aph(3’)-III, sat4 | rumA |  | |
  ΦJH1301 | S. suis | mef(A), ant(6’)-Ia, cat, sat4 | cysM / rumA / SSU1958 |  | [89] |