Table 3 Linkage disequilibrium (LD) among non-synonymous single nucleotide polymorphisms (SNP) of the cervid prion protein gene (PRNP) in elks
r2 | c.56G > A | c.95G > A | c.292A > G | c.293C > G | c.298A > G | c.310A > G | c.394A > T | c.424A > G | c.428A > G | c.436A > T | c.478 T > C | c.518A > G | c.530C > A | c.550A > G | c.624G > A | c.676C > G |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
c.56G > A | − | − | 0 | − | 0.001 | − | 0.004 | − | 0 | − | − | − | − | − | − | 0.002 |
c.95G > A | 0 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
c.292A > G | 0 | 0 | − | − | 0.001 |  | .002 | − | 0 | − | − | − | − | − | − | 0.091 |
c.293C > G | 0 | 0 | 0.001 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
c.298A > G | − | − | − | − | − | − | 0.029 | − | 0.001 | − | − | − | − | − | − | 0.001 |
c.310A > G | 0 | 0 | 0 | 0 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
c.394A > T | 0.003 | 0.011 | 0.011 | 0.003 | − | 0.023 | − |  | 0.002 | − | − | − | − | − | − | 0.019 |
c.424A > G | 0 | 0 | 0 | 0 | − | 0 | 0.011 | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
c.428A > G | 0 | 0 | 0 | 0.597 | − | 0 | 0.002 | 0 | − | − | − | − | − | − | − | 0.091 |
c.436A > T | 0 | 0 | 0 | 0 | − | 0 | 0.001 | 0 | 0 | − | − | − | − | − | − | − |
c.478 T > C | 0 | 0 | 0 | 0 | − | 0 | 0.011 | 1.0 | 0 | 0 | − | − | − | − | − | − |
c.518A > G | 0 | 0 | 0.001 | 1.0 | − | 0 | 0.003 | 0 | 0.597 | 0 | 0 | − | − | − | − | − |
c.530C > A | 0.001 | 0 | 0.001 | 0.447 | − | 0 | 0.006 | 0 | 0.267 | 0 | 0 | 0.447 | − | − | − | − |
c.550A > G | 0 | 1.0 | 0 | 0 | − | 0 | 0.011 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | − | − | − |
c.624G > A | 0 | 0 | 0.001 | 0.62 | − | 0 | 0.001 | 0 | 0.37 | 0 | 0 | 0.62 | 0.547 | 0 | − | − |
c.676C > G | 0.002 | 0 | 0.414 | 0.136 | − | 0 | 0.008 | 0 | 0.081 | 0 | 0 | 0.136 | 0.244 | 0 | 0.219 | − |