Multi-locus sequence analysis reveals great genetic diversity among Mycoplasma capricolum subsp. capripneumoniae strains in Asia

Table 2 Sequence polymorphisms found among the Mccp strains analysed.

Position^#	Locus 1									Locus 3								Locus 11								Locus 12				Locus 15				Locus 17
	56	74	258	320	417	433	441	460	461	54	222	244	528	534	546	579	597	7	54	247	391	566	586	605	625	31	533	542	567	11	406	451	649	18
									462					535										606
F38	G	A	C	G*	G*	A	A	T*	-*	C	G	C	A	-	T	G	G*	C*	C	G*	G	C	G	-	C	A	A	G	G	T	C	T	T	G
1-010	A	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	C	T	.	.	T	.	A	.	.	.	.	G	G	A	A	G	T	.	C	A
1-011	A	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	C	T	A	.	T	.	A	.	.	.	.	G	G	A	A	G	T	.	C	A
1-020	A	G	G	.	.	.	G	.	.	.	.	.	C	.	C	T	.	.	T	.	A	.	.	.	.	G	G	A	A	G	T	.	C	A
1-030	A	G	G	.	.	.	G	.	.	.	.	.	C	.	C	T	.	.	T	.	A	.	.	.	.	G	G	A	A	G	T	.	C	A
1-040	A	G	G	A	.	.	G	.	.	.	.	.	C	.	C	T	.	.	T	.	A	.	.	.	.	G	G	A	A	G	T	.	C	A
2-010	A	G	G	.	.	T	.	.	.	.	.	.	C	T	C	T	.	.	T	.	A	T	.	.	.	G	G	A	A	G	.	C	C	A
2-020	A	G	G	.	.	T	.	.	.	.	.	.	C	T	C	T	.	.	T	.	A	T	.	.	.	G	G	A	A	G	.	C	C	A
3-010	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	C	.	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	G	.	.	.	.
3-020	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	G	.	.	.	.
3-030	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	A	.	C	.	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	G	.	.	.	.
4-010	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	.	.	.	.	.
4-020	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	C	.	.	.	.	.	.	.	A	.	.	.	.	.	A	.	.	.	.	.
5-010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	.	.	.	.	.
5-020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
5-030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
5-040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
5-050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
5-060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.
6-010	.	G	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	C	.	C	.	.	T	.	A	A	.	.	.	.	.	.	A	A	G	.	.	.	.
6-020	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	C	.	.	T	.	A	A	.	.	.	.	.	.	A	A	G	.	.	.	.
6-030	.	G	.	.	.	.	.	-	.	.	.	.	C	.	C	.	.	T	.	A	A	.	.	.	.	.	.	A	A	G	.	.	.	.
6-040	.	G	.	.	A	.	.	.	T	.	.	.	C	.	C	.	.	T	.	A	A	.	.	.	.	.	.	A	A	G	.	.	.	.
6-050	.	G	.	.	A	.	.	.	.	.	.	.	C	.	C	.	.	T	.	A	A	.	.	.	.	.	.	A	A	G	.	.	.	.
7-010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	T	.	.	.	.	G	.	.	.	.

Position^#	Locus 17								LOCUS 20								Locus H2
	28	104	132	157	256	468	529	639	29	112	119	317	506	575	658	681	35	97	116	149	374	763	1024	1111	1149	1259	1341	1409	1430	1454	1778	1940	1974	2103
				158														98								1260
F38	C	C	G*	-	A	A	G	T	T	A	G*	G	C	T	C	T	G	-*	T*	T*	C	G	G	C*	T	-*	G*	G*	G	G	C	G	T	C
1-010	.	T	.	.	G	G	A	G	.	G	.	A	.	C	T	C	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.
1-011	.	T	.	.	G	G	A	G	.	G	.	A	.	C	T	C	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.
1-020	.	T	.	.	G	G	A	G	.	G	.	A	.	C	T	C	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.
1-030	.	T	.	.	G	G	A	G	.	G	.	A	.	C	T	C	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	.	.	.	.	C	.
1-040	.	T	A	.	G	G	A	G	.	G	.	A	.	C	T	C	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.
2-010	.	T	.	T	G	.	A	G	.	G	.	A	.	C	T	C	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	.	.	.	.	.	A	C	G
2-020	.	T	.	.	G	.	A	G	C	G	.	A	.	C	T	C	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	.	.	A	.	.	A	C	G
3-010	T	.	.	.	G	.	.	G	.	.	.	.	.	C	T	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.
3-020	.	.	.	.	G	.	.	G	.	.	.	.	.	C	T	C	.	.	.	.	.	.	T	-	-	.	-	-	-	-	-	-	-	.
3-030	.	.	.	.	G	.	.	G	.	.	.	.	.	C	T	C	.	.	.	.	.	.	T	-	-	.	-	-	-	-	-	-	-	.
4-010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	C	.	.	.	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	A	T	.	C	.
4-020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	C	.	.	.	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	A	T	.	C	.
5-010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	.	.	.	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.
5-020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.
5-030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
5-040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.
5-050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.
5-060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.
6-010	.	.	.	.	G	.	.	G	.	.	A	.	.	C	T	C	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.
6-020	.	.	.	.	G	.	.	G	.	.	.	.	.	C	T	C	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	A	.	.	.	.	.	C	.
6-030	.	.	.	.	G	.	.	G	.	.	.	.	.	C	T	C	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	A	.	.	.	.	.	C	.
6-040	.	.	.	.	G	.	.	G	.	.	.	.	.	C	T	C	.	A	.	.	.	.	.	.	.	A	A	.	.	.	.	.	C	.
6-050	.	.	.	.	G	.	.	G	.	.	.	.	.	C	T	C	.	A	-	.	.	.	.	.	.	A	A	.	.	.	.	.	C	.
7-010	.	.	.	.	G	.	.	G	.	.	.	.	.	C	T	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.

The polymorphisms found in the eight MLSA loci for each sequence type are shown, with new polymorphisms identified in this study indicated with an asterisk. The GenBank accession numbers corresponding to the eight F38 locus sequences used as reference are as follows: Loc-01: HQ864744, Loc-03: HQ864761, Loc-11: HQ864776, Loc-12: HQ864786, Loc-15: HQ864807, Loc-17: HQ864814 and Loc-20: HQ864737, Loc-H2: AF162991.
^#Position as on Mccp F38 sequences (corresponding to sequence type 5-030).

ISSN: 1297-9716