Table 3 Detection and identification of F17 genes variants and virulence-associated genes in the collection of E . coli isolates from feces of calves with diarrhea in Iran
Isolate | Herd | Sampling date | Serogroup | Phylogroup | F17A | F17a-A | F17b-A | F17c-A | F17d-A | F17e-A | F17-G1 | F17-G2 | Other virulence-associated genes |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
2 | 1 | March-04 | - | B1-1 | |||||||||
10 | March-04 | - | B1-1 | + | + | + | |||||||
30 | May-04 | - | B1-1 | + | + | + | |||||||
44 | May-04 | O8 | B1-1 | ||||||||||
38 | May-04 | - | B1-1 | + | + | + | |||||||
49 | June-04 | - | B1-1 | ||||||||||
52 | June-04 | O8 | B1-1 | ||||||||||
64 | March-05 | O157 | A-1 | afaE-VIII, iucD | |||||||||
16 | 2 | April-04 | - | B1-1 | |||||||||
68 | April-05 | - | B1-1 | + | + | + | iucD | ||||||
73 | June-05 | - | D-1 | afaE-VIII, clpG, iucD | |||||||||
45 | 3 | May-04 | - | B1-1 | |||||||||
57 | June-04 | O15 | B1-1 | + | + | + | |||||||
4 | 4 | March-04 | O8 | B1-1 | |||||||||
3 | March-04 | O8 | B1-1 | ||||||||||
29 | April-04 | - | B1-1 | + | + | + | |||||||
56 | June-04 | O8 | A-1 | afaE-VIII, iucD | |||||||||
25 | 5 | April-04 | - | B1-1 | + | + | + | ||||||
35 | May-04 | - | B1-1 | + | + | + | |||||||
63 | March-05 | O49 | B1-1 | ||||||||||
5 | 6 | March-04 | - | B1-1 | + | + | + | ||||||
26 | April-04 | - | B1-1 | + | + | + | |||||||
28 | April-04 | O101 | B1-1 | + | + | + | |||||||
32 | May-04 | - | B1-1 | + | + | + | |||||||
51 | June-04 | O141 | B1-1 | ||||||||||
54 | June-04 | - | B1-1 | ||||||||||
9 | 7 | March-04 | - | B1-1 | + | + | + | ||||||
11 | March-04 | O8 | B1-1 | + | + | + | iucD | ||||||
14 | March-04 | - | B1-1 | + | + | + | |||||||
46 | May-04 | - | B1-1 | + | + | + | cnf2, cdtIII | ||||||
43 | May-04 | O8 | B1-1 | ||||||||||
33 | May-04 | - | B1-1 | + | + | + | cnf2, cdtIII | ||||||
66 | March-05 | O8 | A-2 | ||||||||||
69 | April-05 | O8 | A-2 | ||||||||||
75 | June-05 | O8 | B1-1 | + | + | + | iucD | ||||||
74 | June-05 | O8 | B1-1 | + | + | + | |||||||
19 | 8 | April-04 | - | B1-1 | + | + | + | ||||||
34 | May-04 | - | B1-1 | + | + | + | |||||||
47 | May-04 | - | B1-1 | + | + | + | |||||||
48 | June-04 | - | B1-1 | + | + | + | stI, ltI | ||||||
53 | June-04 | - | A-1 | iucD | |||||||||
59 | June-04 | - | B1-1 | ||||||||||
62 | March-05 | - | B1-1 | ||||||||||
65 | March-05 | - | D-1 | hly | |||||||||
71 | April-05 | O8 | B1-1 | ||||||||||
39 | 9 | May-04 | O15 | B1-1 | + | + | + | ||||||
31 | May-04 | - | B1-1 | ||||||||||
60 | June-04 | O49 | B1-1 | ||||||||||
70 | April-05 | - | A-1 | ||||||||||
27 | 10 | April-04 | O8 | B1-1 | |||||||||
20 | April-04 | - | B1-1 | + | + | + | |||||||
24 | April-04 | - | B1-1 | + | + | + | |||||||
37 | May-04 | O8 | B1-1 | ||||||||||
41 | May-04 | O8 | B1-1 | ||||||||||
50 | June-04 | - | B1-1 | + | + | + | |||||||
72 | April-05 | O15 | B1-1 | + | + | + | |||||||
55 | 11 | June-04 | - | D-1 | stI, ltI | ||||||||
61 | June-04 | - | A-2 | hly |